Της Ιατρικής Υπηρεσίας προΐσταται ο Διευθυντής Ιατρικής Υπηρεσίας ο οποίος υποβοηθείται στο έργο του από το Επιστημονικό Συμβούλιο και την Επιτροπή Νοσοκομειακών Λοιμώξεων του νοσοκομείου.Η Ιατρική Υπηρεσία του Γενικού Νοσοκομείου Πρέβεζας διαρθρώνεται στους παρακάτω τομείς:   

1. Παθολογικός Τομέας
2. Χειρουργικός Τομέας
3. Εργαστηριακός Τομέας
Σε κάθε Τομέα προΐσταται Διευθυντής Ιατρός με ειδικότητα που εντάσσεται στον Τομέα.

• Η παροχή υπηρεσιών υγείας.
• Η προώθηση και προαγωγή της υγείας.
• Η εκπαίδευση του προσωπικού που στελεχώνει την υπηρεσία.
• Ο προγραμματισμός και ο έλεγχος των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας.
• Η κατάρτιση πρωτοκόλλων για την παροχή και ανάπτυξη των παρεχόμενων ιατρικών υπηρεσιών από τη Διεύθυνση, τους τομείς και τα τμήματα.
• Η οργάνωση και προώθηση της έρευνας.
• Η συνεργασία με τις άλλες υπηρεσίες του νοσοκομείου για τη συνεχή βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών υγείας.
• Η εποπτεία της εφημερίας και της αποτελεσματικής λειτουργίας των νοσοκομειακών κλινών καθώς και η επιστημονική εποπτεία της λειτουργίας των Εξωτερικών Ιατρείων, των Επειγόντων Περιστατικών, και των Χειρουργείων.
• Ο προγραμματισμός και η εισήγηση για τη χορήγηση οποιασδήποτε μορφής άδειας στο προσωπικό της Ιατρικής Υπηρεσίας.
• Η επιστημονική και διοικητική ευθύνη για την εύρυθμη λειτουργία των τμημάτων της Ιατρικής Υπηρεσίας.
• Η ενημέρωση και η τήρηση φακέλων νοσηλείας ασθενών, από κοινού με την νοσηλευτική υπηρεσία.
• Η οργάνωση, ο προγραμματισμός και η εκτέλεση ιατρικών πράξεων.